Наукові проблеми, що розробляються на кафедрі, різноманітні. Це, насамперед, розробка, апробація та клінічна оцінка сучасних засобів первинної профілактики стоматологічних захворювань.

Новим напрямком наукових досліджень є розробка диференційованого підходу до призначення засобів ендогенної та екзогенної профілактики основних стоматологічних захворювань, що ґрунтується на визначенні індивідуальної схильності, стану системного та місцевого імунітету, регіону мешкання та ін.

Значне місце в науково-дослідній роботі кафедри посідає вивчення етіології і патогенезу карієсу та його ускладнень у дітей, а також визначення взаємозв'язку між цими захворюваннями і загальносоматичним станом здоров'я дитини. З цієї проблеми співробітниками кафедри під керівництвом професора Л.О. Хоменко виконані 3 докторські та продовжують виконуватись ще кілька кандидатських дисертацій.

Для дітей із загальносоматичними захворюваннями розроблені та патогенетично обґрунтовані комплекси лікувально-профілактичних заходів, спрямованих на запобігання розвитку і подальшому прогресуванню карієсу і захворювань пародонту, ефективність яких доведена клінічно. Розроблені конкретні рекомендації щодо термінів стоматологічного диспансерного спостереження дітей із загальносоматичними захворюваннями.